Nació en Benaulin. Estudió en la universidad de Goa y fue ordenado sacerdote en 1676. Quería ser misionero y predicó en la zona de Kanara con gran celo y fruto apostólico. Deseoso de vida en común y de vivir su sacerdocio en los cauces señalados por san Felipe Neri, fundó un oratorio filipense en Velha Goa, del que fue el primer prepósito y que se consolidó bajo su dirección.
Marchó a la isla de Ceilán en la que se padecía una fuerte crisis: los holandeses al conquistar la isla habían expulsado a los sacerdotes católicos de la isla con el fin de potenciar las comunidades cristianas existentes.
La Compañía de Indias había amenazado con la muerte a cualquier sacerdote católico que quisiera misionar la zona. José Vaz se infiltró clandestinamente en Ceilán y allí desarrolló una eminente labor apostólica entre las comunidades católicas. Marchó al interior de la isla, al reino de Kandy, que había conservado su autonomía, a pesar de la presencia holandesa.
Localizado como extranjero fue detenido, pero se conquistó el respeto del rey que le dio licencia para que actuase libremente por su reino. Esto dio ocasión a que tuviera muchísimos frutos apostólicos.
Hizo venir de Goa una comunidad de filipenses, a la que se le encomendó la evangelización de la zona, logrando una cristiandad, a su muerte de cien mil fieles. Tradujo el catecismo al cingalés, adoptó los usos y costumbres locales, adelantándose a la inculturación del evangelio del concilio Vaticano II. Mantuvo un diálogo leal y sincero con los budistas.
En una epidemia de peste estuvo al lado de todos, sin distinción distinguiéndose por su caridad. Consumido por el trabajo murió e Kandy. El papa Francisco lo ha canonizado el 14 de enero de 2015.
