Nació en Samlesbury, Lancashire. Pertenecía a una ilustre y rica familia que pese a todas las persecuciones se mantuvo fiel al catolicismo y se quedaron en la pobreza por las fuertes multas que les impusieron por ser católicos. A veces Juan usó el apellido materno de Lee.
Estudió en Douai y en el 1618 fue ordenado sacerdote; optó por la vida monástica benedictina, pero no cuajó en ella y volvió a su condición de sacerdote diocesano. En 1619 fue enviado a la misión inglesa donde trabajó hasta 1624 que se marchó a Bruselas, donde fue confesor de unas monjas benedictinas inglesas.
Subió al poder inglés el rey Carlos I y Juan regresó de nuevo a su patria hasta que en 1627 fue detenido, procesado y condenado a muerte. Como el rey estaba casado con una princesa católica no se podía ejecutar a ningún sacerdote católico, Juan permaneció en el castillo de Lancaster en compañía del jesuita san Edmundo Arrowsmith. Declinaba el poder real, cuando el jesuita fue ejecutado y recibió la absolución de Juan. Todavía estuvo en prisión tres años más, parte de ellos en la Torre de Londres, hasta que el embajador francés obtuvo que se desterraran a los sacerdotes católicos condenados y presos.
A los pocos meses de ir a Francia volvió a Inglaterra y se distinguió particularmente en el servicio a los enfermos de peste en la epidemia de 1636, que fue acompañado por el jesuita san Enrique Morse. Los pastores anglicanos se quejaron de la actividad de los sacerdotes católicos aprovechándose de la miseria de la gente, ayudándoles económicamente.
Fue detenido, pero logró hacer creer que su misión era exclusivamente caritativa y fue liberado. Poco tiempo después fue apresado por el cazarrecompensas, Francisco Newton, que le tuvo en una prisión privada durante varios meses hasta que lo entregó al gobierno en 1637. Pagado su rescate, Juan volvió a la calle y a su trabajo apostólico.
Pasados otros tres años fue nuevamente encarcelado por dos veces, siendo liberado por orden del secretario de Estado Windebank, que luego se haría católico. Trabajó en libertad 14 años.
En 1654 volvió a ser detenido, cuando en Inglaterra mandaba el dictador Cromwell. Fue juzgado en Old Bailey por traidor al declararse sacerdote católico. Los embajadores de Francia y Portugal acudieron al Lord Protector que pareció propicio a la conmutación de pena, pero el Consejo se negó. Antes de ser ejecutado en Londres, se le permitió hablar a la enorme muchedumbre que se había congregado, negó su traición y confesó su fe católica y adhesión al Papa, y terminó con una oración: “Este patíbulo es mi cruz y lo recibirá con gozo, mi fe se considera un crimen, he cumplido con mi obligación, por eso soy condenado”. Fue ahorcado y descuartizado. Uno de los asistentes al martirio, William Carles, se convirtió y fue ordenado jesuita en Roma.
El embajador español, compró sus restos y los mandó al colegio inglés de Duai, hoy se encuentran en la catedral de Westminster.
