Finalmente ingresó en el noviciado el 24 de marzo de 1868, transformándose en el primer ecuatoriano admitido en el Instituto.
El Hermano Miguel fue un enseñante capacitado y un estudiante aplicado. No había cumplido todavía los 20 años cuando publicó la primera de sus numerosas obras, una gramática española que se transformó rápidamente en un clásico. En el transcurso de los años sus investigaciones y sus publicaciones en el ámbito de la literatura y de la lingüística lo pusieron en contacto con expertos del mundo entero y fue nombrado miembro de las Academias nacionales de Ecuador y de España.
A pesar de sus distinciones académicas, la enseñanza era para él lo prioritario, en particular las clases de religión y la preparación de los chicos a la primera comunión. Sus alumnos admiraban su sencillez, su franqueza, la atención que les prestaba y la intensidad de su devoción al Sagrado Corazón y a la Virgen María.
Fue transferido a España y allí se ocupó de evacuar por mar, hacia Barcelona, a los jóvenes que estaban bajo su responsabilidad, durante los desórdenes revolucionarios de 1909.